대한불교조계종 제6교구 본사인
마곡사(麻谷寺)의 말사이다. 885년(헌강왕 11)에 조구(祖丘)가 창건하였으며, 창건 당시 절 앞산에서 채굴한 금으로 불상을 주조하였기 때문에 절 이름을 보석사라고 하였다.
그 뒤에 자세한 역사는 전해지지 않고 있지만, 임진왜란 때 불타버린 것을 고종 때 명성황후가 중창하여 원당(願堂)으로 삼았으며, 1912년부터는
31본산의 하나로서, 전라북도 일원의 33개 말사를 통괄하였다.
현존하는 당우로는 대웅전 · 조사전 · 지장전 · 산신각 · 의선각 · 적묵당 · 요사채 등이 있다.
대웅전은 1993년 충청남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 정면 3칸, 측면 2칸에 다포집 맞배지붕이며, 법당 내부에는 석가모니불 · 문수보살 · 보현보살의 목조석가여래삼존좌상을 안치하였다.
대웅전의 목조석가여래삼존좌상은 2011년 충청남도 유형문화재로 지정되었다. 17세기에 제작된 것으로 보이는 이 삼존불은 규모가 크고 조각수법이 정교하고 섬세하며, 상호가 원만하고 자비로워 조선시대 불상 중에서는 최고의 것으로 평가받고 있다.
진영각은 휴정(休靜) · 유정(惟政) · 영규(靈圭)의 영정을 모셨던 곳이나 최근에 영정을 도난당하였다. 또한 이 절의 의병승장비(義兵僧將碑)는 공주의 청련암(靑蓮庵)과 보석사에서 무예를 익힌 뒤 임진왜란 때 왜병과 싸우다가 전사한 승병장 영규의 순절비로서, 1839년 5월에 금산 군수가 절 입구에 세운 것이다. 영규가 순국한 내용을 적은 이 비는 일제강점기에 일본인에 의해서 자획이 뭉개지고 땅에 묻혔던 것을 1945년 정요신(鄭堯臣)이 찾아서 다시 세웠으며, 높이는 약 4m이다.
이 밖에도 절 입구에는 둘레 11m의 큰 은행나무가 있어 1990년 천연기념물로 지정되었다. 이 나무는 창건주 조구가 제자 5인과 더불어 육바라밀(六波羅蜜)을 상징하는 뜻에서 둥글게 여섯 그루를 심은 것이 하나로 합해졌다고 하며, 나라에 이변이 있을 때는 24시간을 운다고 한다.
